Pasillo
Al caminar por el pasillo central podemos observar distintas vitrinas sobre salesianos destacados de la Patagonia, hitos de la historia de la región, referencias a exploraciones científicas donde destaca Charles Darwin y finalmente la réplica de la Cruz de Froward.
Fauna Mayor
En esta sala se exhiben animales en taxidermia pertenecientes a la familia de los mamíferos de mayor tamaño que habitan la Patagonia, estos son: huemules, guanacos y pumas.
Fauna Menor
En esta sala se exhiben animales en taxidermia pertenecientes a la familia de los mamíferos de menor tamaño, peces y cefalópodos además de herbarios de algas regionales y moluscos de la zona.
Extraterritorial
En esta sala se encuentran objetos donados al museo desde diferentes partes de Chile y el mundo, se destaca la momia inca del Perú, cabezas jibarizadas del Ecuador, elementos de la cultura mapuche y artesanía de Rapa Nui. También en esta sala se encuentra la réplica de la Cueva de las Manos, ubicada en la Patagonia Norte, específicamente en Chile Chico. En ella Hans Niemeyer investigó sobre las pinturas rupestres hechas por el pueblo Aonikenk.
Aves e Insectos
Esta sala muestra la variada y numerosa colección de aves de la Patagonia en taxidermia como: aves marinas, rapaces y canoras. Se destaca el cóndor por su gran tamaño, el ñandú ave no voladora y los pingüinos que habitan diferentes partes de la Región de Magallanes y la Antártica chilena.
EXHIBICIONES
El museo cuenta con cuatro niveles de exhibición de las diversas colecciones donde destacan aquellas que representan la flora, fauna, antropología, paleontología, arqueología, historia y siempre teniendo como referente a la cultura de los pueblos y sus territorios de la Patagonia y Tierra del Fuego
